Je ne vois pas d'interdiction à avoir une licence III et une licence restaurant dans un même local qui exerce l'activité de bar restaurant.
La licence restaurant permet de vendre toutes les boissons alcoolisées mais uniquement à l'occasion des repas et en complément de la nourriture. Pour vendre des boissons en dehors des repas il faut donc être titulaire d'une licence de débits de boissons. Avec la licence III, il n'est possible de vendre que les boissons du1er au 3ème groupe, mais pas les boissons du 4ème et du 5ème groupe.
Une licence IV et une licence restaurant dans le même établissement n'a pas d'intérêt dans la mesure où avec la licence IV vous pouvez vendre toutes les catégories de boissons pendant et en dehors du repas, par conséquent la licence restaurant n'est pas utile dans ce cas.
Quant aux articles du code de la santé publique cités, ils ne posent pas une telle interdiction.
L'article L.3331-1, précise que les débits de boissons à consommer sur place sont répartis en 2 catégories : la licence III qui permet de vendre les boissons de la 1ere à la 3ème catégorie et la licence IV qui permet de vendre toutes les catégories de boissons y compris celles du 4ème et du 5ème groupe.
L'article L.3331-2 précise que les restaurants qui ne sont pas titulaires d'une licence de débits de boissons doivent pour vendre des boissons alcooliques , être pourvus d'une l'une des deux licence restaurant : la petite licence restaurant qui ne permet de vendre que les boissons du 3èmegroupe et la grande licence restaurant qui permet de vendre toutes les catégories de boissons, mais dans les deux cas à l'occasion des repas et comme accessoire de la nourriture.
L'article L.3331-3 précise que les établissements titulaires d'une licence à consommer sur place ou d'une licence restaurant peuvent vendre à emporter les boissons qu'ils proposent.

Il faut contester la valeur de l'arrêté préfectoral devant le tribunal administratif. Pour l'instant je n'ai pas connaissance d'une telle décision dans d'autres régions.

Quand vous effectuez une déclaration d'ouverture d'un débit de boissons en mairie, celle-ci vous délivre un récépissé qui justifie de la possession de la licence de la catégorie sollicitée. Sur cette déclaration faite au moyen d'un Cerfa, il est précisé la date d'ouverture, exploitation, transfère. Date qui doit respecter au moins le délai de 15 jours entre la déclaration et l'exploitation effective. Donc il faut regarder la date mentionnée sur votre déclaration.