Et même la date d'application de cette ordonnance suscite des interrogations car elle ne l'a pas précisée clairement. Sauf précisions contraire, ces nouvelles mesures s'appliquent comme l'ordonnance initiale (n°2020-346 du 27 mars 2020) sur la période allant du 28 mars (date d'entrée en vigueur de l'ordonnance) à une date qui doit être fixée par décret au plus tard le 31 décembre 2020.
Quant à l'article 12 de l'ordonnance, il concerne les délais applicables à la procédure de reconnaissance des accidents du travail et des maladies professionnelles, qui expirent le 12 mars, sont prolongés. Et de cet article 12 qui est un cas particulier on ne peut déduire que toutes les dispositions de l'ordonnance et plus particulièrement celles de l'article 7 relatives à la prise en charges des heures supplémentaires sont rétroactives au 12 mars. D'autant que cet article 7 vient compléter les dispositions de l'article 1 de l'ordonnance du 27 mars qui s'appliquent à compter du 28 mars.