Je ne comprends pas la réponse de votre comptable. L'annualisation permet de compenser des heures supplémentaires par des heures de moindre activité sur une période annuelle, mais pas de supprimer des heures.
Si vous avez travaillé du jeudi 27 au dimanche 30 avril, vous devriez percevoir le salaire correspondant à ces 4 jours de travail.

La polyvalence consiste à tenir de manière discontinue mais répétitive un autre poste dans le même domaine d’activité, mais cela ne veut pas dire que vous puissiez passer d’un horaire de jour à un horaire de nuit sans votre accord. L'employeur ne peut donc pas imposer unilatéralement le travail de nuit au salarié, même partiellement (Cass. Soc. 12 déc. 2017). Le refus du salarié de travailler la nuit n'est donc pas une faute.
Dans la plupart des contrats de travail à temps plein, il est uniquement fait référence à une durée hebdomadaire ou mensuelle, sans aucune précision quant à la répartition des horaires.
Dans ce cas, la jurisprudence considère que si rien n'est précisé dans le contrat, l'employeur peut librement fixer une nouvelle répartition des horaires de travail au sein de la journée (Cass. Soc. 22 février 2000 n° 97-44339) ou de la semaine (Cass. Soc. 16 mai 2000, n° 97-45256).
Cependant, la jurisprudence pose des limites. En effet, dans certains cas, même si elle n'est pas mentionnée dans le contrat de travail, ou en l'absence de contrat de travail, la modification de la répartition des horaires est considérée par les tribunaux comme la révision d'un élément essentiel du contrat nécessitant l'accord du salarié.
C'est notamment le cas du passage d'un horaire de jour à un horaire de nuit qui constitue une modification du contrat de travail. La mise en place d'un horaire avec une seule heure de nuit suffit à considérer qu'il y a modification du contrat. (Cass.soc.19 février 1997, n°95-41207).
Pour mémoire, tout travail entre 22 heures et 7 heures est considéré comme travail de nuit. (Art. 12.1 de l’avenant n°2 du 5 février 2007).

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