Je ne comprends pas votre remarque : « Vous présentez une fiche de salaire pour un apprenti sur laquelle les avantages en nature sont valorisés à 100% du M », car sur la fiche de paie les avantages en nature ne sont pas valorisés à 100%, et bénéficient bien de la déduction de 75%.
Les avantages en nature dont bénéficie l’apprenti peuvent être déduits du salaire dans la limite de 75 % de la déduction autorisée pour les autres travailleurs (art. D.6222-35). Cette déduction ne concerne que les avantages en nature, c’est-à-dire quand le repas est fourni. En revanche, quand l’apprenti ne consomme pas le repas et qu’il perçoit une indemnité compensatrice, celle-ci est évaluée sans déduction, soit à 3,86 € par repas depuis le 1er mai 2022.

Un apprenti travaillant 5 jours par semaine et présent 22 jours par mois a droit 44 repas. Il consomme un repas par jour ce qui donne :
22 repas à 3,86 € × 75 % = 63,69 €
22 repas (indemnités compensatrices à 3,86 €) = 84,92 €
Total = 148,61 €

Effectivement, je mentionne le taux de 3,76 € dans la colonne taux, mais juste à gauche je précise (75%) et la somme correspond bien à 3,76 x 75% x 22 = 62,04 €.