Dans la mesure où la durée du travail de votre salariée est supérieure à un mi-temps, vous devez prendre en charge 50% de ses frais de transport et vous ne pouvez minorer votre quote-part en raison de la participation d'un autre employeur.

L’Urssaf dans une note du 3 juin 2009 rappelle que les salariés à temps partiel, employés pour un nombre d'heures égal ou supérieur à la moitié de la durée légale hebdomadaire ou conventionnelle si cette dernière lui est inférieure, bénéficient d'une prise en charge équivalente à celle d'un salarié à temps complet, sans prorata (c. trav. art. R. 3261-9).

Dès lors, lorsqu'un salarié à temps partiel effectue deux mi-temps chez deux employeurs différents, chaque employeur est tenu de lui rembourser 50 % de ses titres d'abonnement.
L'employeur ne peut pas se soustraire à son obligation au motif que cette prise en charge a déjà été assumée par un autre employeur. Il ne peut non plus minorer la quote-part de la somme qu'il est tenu de rembourser au salarié.