C'est l'employeur qui choisit de nourrir ses salariés ou de leur verser une indemnité compensatrice, s'il ne peut pas ou ne veut pas les nourrir.
Vos salariés préfèrent le versement d'une indemnité compensatrice car cela va augmenter leur salaire net. En effet, il est pris en compte dans le salaire brut, mais dans la mesure où le repas n'est pas consommé, il n'est pas déduit à la fin du bulletin de paie.
Dans la mesure où vous fournissez le repas, vous êtes en droit de le déduire et ce même si vos salariés ne veulent pas le manger.
Aux termes de l’article D.3231-13 du code du travail, les employeurs des CHR ont l'obligation de nourrir gratuitement leur personnel ou de leur verser une indemnité compensatrice.
C'est l'employeur qui choisit de nourrir ses salariés ou de leur verser une indemnité compensatrice, s'il ne peut pas ou ne veut pas les nourrir. Dans les deux cas, ces avantages en nature, qui sont évalués à 3,65 € par repas (depuis le 1er janvier 2020, doivent figurer dans le salaire brut afin d'être soumis à cotisations sociales.

Si le salarié consomme réellement ses repas, ils seront déduits du salaire net. En revanche, si l'employeur met des repas à la disposition d'un salarié, et que ce dernier choisit de ne pas les consommer pour quelque raison que ce soit, l'employeur a le droit de procéder à la déduction de ces repas, comme si le salarié les avait réellement consommés. Ceci n'apparaît pas dans la convention collective, mais la jurisprudence en a décidé ainsi. Effet, dans un arrêt du 16 février 1994, la Cour de cassation a permis à l'employeur de décompter les repas qu'il a mis à la disposition du salarié, même quand celui-ci n'a pas voulu les consommer. Dans cet arrêt, un salarié musulman qui n'avait pas mangé dans l'établissement pendant le Ramadan réclamait le paiement d'une indemnité compensatrice de nourriture pour ses repas non pris. Les juges ont considéré que l'employeur n'avait pas à rembourser ces repas, dans la mesure où il les avait mis à la disposition du salarié.
Pour résumé, à partir du moment où l'employeur met le repas à disposition du salarié il est en droit de lui déduire sur son bulletin de paie et peu importe si ce salarié ne le consomme pas. Ce qui revient à dire que le salarié "est obligé de consommer". Dans ce cas, l'employeur doit reverser le montant forfaitaire de TVA.