Bonjour,
Le Fongecif île-de-France aborde la question sur son site :

Une fois le dossier de votre salarié accepté, le Fongecif Île-de-France adresse un accord de prise en charge en triple exemplaire à votre salarié, à charge pour lui de vous le faire signer. Ce document précise la rémunération prise en charge. C?est vous qui faites l?avance de salaire.

Pour être remboursé, adressez chaque fin de mois une demande de remboursement au Fongecif Île-de-France, accompagnée de l'attestation de présence fournie par l'organisme de formation et du bulletin de salaire que vous avez établi pour votre salarié.
Vous recevrez un remboursement sur la base des heures de présence effectivement attestées couvrant :
le montant de la rémunération que vous aurez versée,
les charges patronales,
un forfait congés payés.


Comment calculer la base de rémunération ?

Additionnez le salaire brut annuel de votre salarié (y compris la prime d'ancienneté) + 10 % de congés payés + les primes déclarées et maintenues pendant le CIF (13e mois, prime de fin d'année, etc.). Divisez le résultat par 12.
C?est sur cette base que le Fongecif Île-de-France remboursera 80 à 100 % de la rémunération, ainsi que les charges patronales afférentes.


En tant qu?employeur, vous n?êtes pas tenu de verser le complément de salaire ou de frais de formation.

Mais si vous le faites, votre participation peut être déductible de l'obligation de participation au titre de la formation continue (veuillez contacter votre OPCA).
Source : http://www.fongecif-idf.fr/vous-etes-une-entreprise/gerer-un-depart-en-cif/la-remuneration-pendant-le-cif/