Si ces heures supplémentaires ne sont pas prévues sur votre contrat de travail, votre employeur peut évidement revenir dessus. Ce système n'est pas très légal, d'autant plus s'il récupère la déduction forfaitaire de cotisations sociales sur le paiement de ces heures supplémentaires.

L'usage est une pratique ou un avantage régulier accordé librement par l'employeur à ses salariés sans qu'un texte de loi, une convention collective ou un accord collectif ne le lui impose. Pour pouvoir être qualifié d'usage, l'avantage accordé doit réunir au moins 3 critères :
La généralité : l'avantage bénéficie à l'ensemble du personnel salarié ou à une catégorie bien déterminée dudit personnel
La fixité : l'usage s'applique selon des modalités fixes ( par exemple : l'employeur verse une prime annuelle, son mode de calcul doit être constant et fixé à l'avance selon des critères objectifs)
La constance : l'avantage est versé régulièrement et l'a déjà été plusieurs fois de suite (selon la jurisprudence une prime doit être versé au moins trois années de suite pour devenir un usage) ce qui le distingue d'une mesure ponctuelle.
Mais je n'ai vu aucune jurisprudence qui qualifie d'usage une prime versée pendant 6 mois d'affilé.

Un accord d’entreprise règle les conditions dans lesquelles sont octroyées les primes de 13 mois
Il n’est pas rare qu’un accord soumette le versement du 13ème mois au fait d’être présent à l’effectif à la date du paiement. La jurisprudence ne voit aucune objection à ce type de clause (Cass. soc., 10 juin 1992, no 88-44.717).
Par conséquent, votre employeur peut refuser de vous verser la moitié de cette prime dans la mesure où vous ne serez plus présent au 30 juin.