La qualité des eaux de piscines fait l'objet d'un contrôle sanitaire exercé sur l'ensemble du département par la Direction Départementale des Affaires Sanitaires et Sociales (service santé-environnement) au nom du préfet. Ce contrôle est fixé par le code de la santé publique aux articles L.1332-1 à L.1332-9 pour la partie législative et D.1332-1 à D.1332-13 pour la partie réglementaire.
Il s'applique à toutes les piscines, exceptées à celles réservées à l'usage personnel d'une famille, aux piscines thermales et aux piscines des établissements de santé autorisés à dispenser des soins de suite et de réadaptation d?usage exclusivement médical.
Ce contrôle sanitaire comprend d'une part, le contrôle de la qualité de l'eau des bassins via la réalisation d?analyses mensuelles et d'autre part, un contrôle annuel de l'entretien des installations.

L'article D1332-12 prévoit notamment que
Un arrêté préfectoral fixe, selon les types d'installation, la nature et la fréquence des analyses de surveillance de la qualité des eaux que doivent réaliser les responsables des installations. Toutefois, cette fréquence ne doit pas être inférieure, pour les piscines, à une fois par mois.
Les prélèvements d'échantillons sont effectués à la diligence de la direction départementale des affaires sanitaires et sociales. Ils sont analysés par un laboratoire agréé par le ministre chargé de la santé. Les frais correspondants sont à la charge du déclarant de la piscine. »