Vous pouvez effectivement faire travailler un salarié rémunéré au pourcentage service sur la base de 39 heures, quant au traitement de ces heures supplémentaires, il vous suffit de payer la majoration des heures supplémentaires comme je l'ai déjà expliqué :

Quant au régime des heures supplémentaires pour les salariés rémunérés au pourcentage service, il faut se référer à l'article 5.2 de cet accord qui prévoit : "Pour les salariés rémunérés au service en application des articles L.3244-1 et suivants du code du travail, la rémunération tirée du pourcentage service calculé sur le chiffre d'affaires est réputée rémunérer l'intégralité des heures de travail. Toutefois, l'entreprise devra ajouter au pourcentage service le paiement des majorations prévues à l'article 4 du présent avenant au titre des heures supplémentaires exécutées.

La rémunération du salarié au pourcentage service ainsi composée devra être au moins égale au salaire minimal de référence dû en application de la grille de salaire et en raison de la durée du travail effectuée, augmenté des majorations afférentes aux heures supplémentaires."

En résumé, vous devez calculer la masse à répartir aux salariés rémunérés au pourcentage service en prenant la recette du mois et en appliquant le pourcentage utilisé par l'entreprise et les critères de répartition. Les heures supplémentaires sont comprises dans cette répartition. En revanche, vous devez rajouter la majoration des heures supplémentaires effectuées. Par exemple : un salarié qui effectue 39 heures se verra rajouter le taux de majoration de 10 % pour les 4 heures supplémentaires par semaine. Ces 4 heures peuvent être mensualisées, ce qui donne 17,33 heures (4 × 52 semaines ÷ 12 mois), que l'on multiplie par le taux horaire applicable au salarié.

L'employeur doit aussi vérifier que la somme versée au salarié doit être au moins égale à la rémunération minimum prévue par la grille de salaire (avenant n° 16 du 10 janvier 2013), en fonction de la classification de ce dernier.