Pas facile de répondre à votre question. Votre salariée assistante de direction doit bénéficier des dispositions de la convention collective des CHR et du régime applicable à tous les salariés de l'entreprise. Cependant à la lecture de la jurisprudence, je dirais qu'elle n'a droit à cet avantage en nature que lorsqu'elle est présente dans l'entreprise, qui rappelle les deux conditions pour bénéficier des AN : l’ouverture de l’entreprise à l’heure normale des repas et la présence du salarié dans l’entreprise sans avoir à tenir compte des conditions particulières de travail.
Cette obligation de nourriture du personnel des hôtels, cafés, restaurants, ne s'appliquent que si l'entreprise est ouverte à l'heure normale des repas et pour autant que les salariés soient présents dans l'entreprise au moment des repas du personnel et de la clientèle, peu important l'existence d'un éventuel usage de la profession ou de conditions particulières de travail (Cass. civ. 19 juin 2014, n°13-16576).
Votre salariée ne peut donc bénéficier des AN que les jours où elle est présente dans votre entreprise. Il faut donc décompter à la fin du mois, ses jours de présence et lui accorder le nombre d’avantage en nature ou indemnité compensatrice auquel elle a droit.
En revanche, vous ne pouvez pas remplacer cet avantage en nature qui doit figurer dans le salaire brut de la salariée par un titre restaurant qui est exonérée de charges sociales.