Vous pouvez très bien remplacer le paiement des heures supplémentaires par un repos compensateur de remplacement conformément à l’article 5.1 relatif aux heures supplémentaires de l’avenant n°2 du 5 septembre à la convention collective des CHR du 30 avril 1997. Le code du travail prévoit effectivement cette possibilité à condition que cela soit prévue par une convention ou accord collectif d’entreprise ou à défaut une convention ou accord de branche. Vous n’avez pas besoin de conclure un accord d’entreprise dans la mesure où cette possibilité ainsi que les modalités sont prévues par un accord de branche.
Le code du travail, pose le principe que les heures supplémentaires, c’est-à-dire celles effectuée au-delà de la durée légale du travail doivent être payées avec une majoration de salaire ou donner lieu à un repos compensateur de remplacement. (Art.L. 3121-28)
Le paiement des heures supplémentaires peut être remplacé en tout ou partie par un repos compensateur équivalent (couramment appelé « repos compensateur de remplacement », RCR). (Art. L.3121-33 du code du travail).
Le repos compensateur de remplacement peut être mis en place par :
- Convention ou accord collectif d’entreprise ou d’établissement ou, à défaut, par convention ou accord de branche (Art. L.3121-33) ;
- Décision de l’employeur dans les entreprises dépourvues de délégué syndical, à condition que le comité d’entreprise ou, à défaut, les délégués du personnel, s’ils existent ne s’y opposent pas. (Art. L. 3121-37) ;
Il n’est donc nullement posé en condition que le RCR doit être mis en place exclusivement par accord d’entreprise.

Je suis très surprise de la réponse de la Direccte. Pouvez-vous m'envoyer par mail à pcarbillet@lhotellerie-restauration.fr le courrier de la direccte ou mettre sur le blog les arguments qu'elle invoque pour vous imposer le paiement des heures supplémentaires.