Effectivement, conformément à l’article 7.3 de l’accord sur la santé du 11 juillet 2013, votre salarié bénéficie d’une indemnité de départ à la retraite de 3 mois pour ses 21 ans d’ancienneté dans votre entreprise.
Le salaire à prendre en compte pour le calcul de l'indemnité de départ en retraite est, selon la formule la plus avantageuse pour l'intéressé, soit :
Le douzième de la rémunération des 12 derniers mois précédant le départ à la retraite,
Le tiers des 3 derniers mois. Dans ce cas, toute prime ou autre élément de salaire annuel ou exceptionnel qui aurait été versé au salarié pendant cette période est pris en compte à due proportion. (Article D. 1237-2)
Vous devez donc comparer les salaires perçus de décembre 2017 à novembre 2018, dans lesquels seront inclus la prime de 13ème mois, à ceux perçus entre septembre et novembre 2018 (mois précédant le départ à la retraite). Dans la mesure où la prime de13 mois est inclus dans la rémunération annuelle, je pense que c’est sur la base de cette rémunération que vous calculerez son indemnité de départ à la retraite.