Je dirais qu’il faut prendre en compte le premier contrat d’apprentissage qui est suivi d’un deuxième, même s’il y a une petite coupure entre les deux et assurer le complément de salaire pendant l’arrêt maladie de votre apprentie.
L'article L.6222-16 du code du travail prévoit que « si le contrat d'apprentissage est suivi de la signature d'un contrat de travail à durée indéterminée, d'un contrat à durée déterminée ou d'un contrat de travail temporaire dans la même entreprise, aucune période d'essai ne peut être imposée. » Article qui précise aussi que « La durée du contrat d'apprentissage est prise en compte pour le calcul de la rémunération et l'ancienneté du salarié ».

Oui, elle ne bénéficie plus de complément de salaire de votre part.
Un salarié ayant au moins un an d’ancienneté perçoit pendant les 30 premiers jours, 90% de la rémunération brute qu’il aurait perçue s’il avait continué à travailler ;
Puis pendant les 30 jours suivants, les deux tiers de cette même rémunération ;
Au-delà de 60 jours, l’indemnisation complémentaire est épuisée : le salarié n’a plus droit à rien en vertu des dispositions légales (Art. D.1226-1 du code du travail).
A chaque arrêt de travail ; il y a lieu de rechercher les proportions dans lesquelles le salarié a déjà perçu des indemnités pendant les 2 mois précédant le mois du versement de la paie (Art. D.126-4).
Disposition qui est reprise au 6) de l’article 29, relatif à la maladie de la convention collective des CHR.
« Lors de chaque arrêt de travail, il est tenu compte des indemnités déjà perçues par le salarié pendant les 12 mois précédents. Si plusieurs absences pour maladie ou accident ont été indemnisés au cours de ces douze mois, la durée totale de l’indemnisation ne doit pas dépasser les limites indiquées dans le tableau ci-dessous. » Tableau qui prévoit pour un salarié ayant une ancienneté de 1 à 5 ans, une indemnisation de 30 jours à 90% du salaire brut puis 30 jours à 66,66% (soit les 2/3) du salaire brut.