Si je comprends bien, vous versez 44 indemnités compensatrice à vos salariés mais ceux bénéficient aussi de cet avantage en nature réellement car ils sont effectivement nourris par l'établissement. Par conséquent, la valeur de cet avantage devrait être déduit du salaire net car il a été effectivement consommé. Mais vous ne le faite pas. Pour moi cette pratique ne posait pas de problème dans la mesure, ou ces indemnités figurent bien dans le salaire brut qui sert de base au calcul des cotisations sociales. Mais un de vos confrère (un seul à ma connaissance), s'est vu redressé car il ne déduisait pas le repas pris du salaire net ce qui constituait un autre avantage. La motivation du contrôleur n'était pas explicite, il argumentait sur le fait que l'employeur ne versait pas les repas (alors que c'était faux, ils étaient bien mentionnés dans le salaire brut) et non sur le fait de ne pas déduire les repas. Face au montant, l'employeur a préféré en resté là.
En voulant modifier cette pratique qui a cours dans votre entreprise depuis de nombreuses années, vous risquez d'avoir des problèmes avec vos salariés. Il s'agit d'un avantage que vous ne pouvez leur supprimer du jour au lendemain. Vous devez respecter une procédure (dénonciation d'un usage) avant de la mettre en application.
Vous devez mentionner dans le salaire brut les avantages en nature auxquels ils ont droit, 44 par exemple si vos salariés sont bien présent aux deux repas dans une journée et déduire ceux qui sont réellement consommés : 44 s'ils mangent les deux repas ou 22 s'ils n'en mangent qu'un seul par jour.

Oui, vous devez lui verser une indemnité compensatrice dans la mesure où il est présent aux heures de repas. En ne lui versant pas cette indemnité vous risquez un recours du salarié mais surtout un redressement de la part de l'Urssaf en cas de contrôle.

La réglementation ne précise pas d'horaires, elle se contente de dire aux heures de repas de la clientèle mais aussi du personnel, ce qui sous entend une plage horaire assez large.

Aux termes de l'article D3231-13 du code du travail, les employeurs des CHR ont l'obligation de nourrir gratuitement leur personnel ou de leur verser une indemnité compensatrice. C'est l'employeur qui choisit de mettre ou non le repas à disposition de ses salariés. En revanche, s'il ne fournit plus le repas, il est malgré tout obligé de vous verser une indemnité compensatrice nourriture. Concrètement, vous ne serez plus nourrit, mais votre salaire net va augmenter, car ces avantages en nature ne seront plus déduit à la fin du bulletin de paie.