j'ai du ma à comprendre votre question. Pour calculer les droits à congés payés d'un salarié il faut prendre en compte les avantages en nature, mais ceci n'est pas nouveau et il n'y a pas de changement au 1er janvier 2016.

L’indemnité de congés payés est égale au dixième de la rémunération totale perçue par le salarié au cours de la période de référence. Cette indemnité ne peut toutefois pas être inférieure à la rémunération que le salarié aurait perçue s’il avait travaillé pendant sa période de congés (art. L.3141-22).
La rémunération servant de base de calcul de l’indemnité est celle perçue par le salarié en contrepartie de son travail. Sont notamment pris en compte dans le calcul de l’indemnité :
Le salaire brut avant déduction des charges sociales, les majorations pour travail supplémentaires (heures supplémentaires, travail de nuit), les avantages en nature dont le travailleur ne continuerait pas à jouir pendant la durée de son congé.
En résumé, un salarié en congé bénéficie du principe du maintien de son salaire comme s’il travaillait. Par conséquent, ces indemnités repas doivent être comprises dans la rémunération qu’il perçoit pendant ses congés. Toutefois, je précise qu’elles n’apparaissent pas en tant que telles sur le bulletin de paie, mais sont comprises dans l’indemnité de congés payés.