Si vous mettez totalement votre apprenti en chômage partiel, il perçoit alors une indemnité d?activité partielle et non pas un salaire dans ce cas, l?aide est suspendue pendant la durée de cette mise au chômage partielle. En revanche, si vous ne le mettez qu?une partie des jours en chômage partiel, il percevra alors une indemnité et un salaire et vous pourrez alors continuer à percevoir l?aide complète pendant cette période. Celle-ci ne sera pas réduite au prorata de la mise en activité partielle.
Cette réponse a été apportée par le ministère du travail dans sa FAQ (foire aux questions) sur le plan de relance alternance que vous pouvez retrouver en intégralité sur le lien suivant :
https://travail-emploi.gouv.fr/formation-professionnelle/entreprise-et-alternance/article/faq-plan-de-relance-alternance#asso

Est-ce que l?employeur bénéficie de l?aide exceptionnelle s?il a recourt à l?activité partielle ?
Dès lors que le maître d?apprentissage est présent (et n?est donc pas placé lui-même en activité partielle) pour assurer l?accompagnement du jeune dans son apprentissage, il est possible de conclure un contrat d?apprentissage, y compris si l?entreprise a par ailleurs recours à l?activité partielle.
En cas d?activité partielle du jeune concerné, l?aide peut être maintenue dès lors que la rémunération brute de l?apprenti est supérieure à zéro. Ainsi :
Si l?apprenti est à 100 % en activité partielle, la case « salaire » sur la DSN sera indiquée à « 0 » et pendant la période où l?apprenti ne percevra aucun « salaire », le versement de l?aide exceptionnelle est interrompu (et reprendra à la fin de cette période) ;
Si l?apprenti est placé en activité partielle sur une partie de son temps de travail, une part de son salaire sera indiquée dans la case salaire (qui ne sera donc plus à 0 dans la DSN), l?aide exceptionnelle continuera à être versée à l?entreprise (et sans proratisation par rapport à ce pourcentage) ;
Si le pourcentage de l?activité partielle de l?apprenti change, la même règle s?applique : l?aide sera interrompue pour la durée où il est à 100 % et maintenue pour tout pourcentage en dessous de 100 %.
Enfin, il est rappelé que l?objet du contrat d?apprentissage est la formation : l?apprenti est un salarié et ne peut être considéré comme main d??uvre de substitution d?un salarié absent ou placé en activité partielle.
Un point de vigilance concerne la disponibilité du maitre d?apprentissage de l?apprenti recruté. Le maitre d?apprentissage doit être à même d?accompagner l?apprenti dans son parcours de formation. Si le maitre d?apprentissage est lui-même placé en activité partielle, des modalités appropriées d?organisation du temps de travail doivent être mises en ?uvre pour assurer un accompagnement efficace.