Vous devez le rémunérer sur la base d’une troisième année d’apprentissage comme s’il avait fait tout son parcours en alternance, soit 67% du Smic, si ce jeune a entre 18 à 20 ans. En effet, cet apprenti prépare un bac professionnel qui se prépare en trois ans, et son contrat d’apprentissage est inférieur à celle de son cycle de formation (1 an pour préparer cette dernière année). L’article D.6222-28-1 du code du travail précise dans ce cas, que l’apprenti est considéré comme ayant accompli une durée d’apprentissage égale à ce cycle de formation.
L’article D. 6222-28-1 du code du travail prévoit : « Lorsque la durée du contrat ou de la période d'apprentissage est inférieure à celle du cycle de formation préparant à la qualification qui fait l'objet du contrat en application du troisième alinéa des articles L. 6222-7-1 ou L. 6222-12-1, ou en application de l'article R. 6222-23-1, l'apprenti est considéré, en ce qui concerne sa rémunération, comme ayant accompli une durée d'apprentissage égale à ce cycle de formation. »
Ce principe est expliqué dans les questions-réponses relatives à la rémunération de l’apprenti publié par le ministère du travail en 2019.
Si un contrat d’apprentissage est conclu par un jeune de 19 ans pour les deux dernières années de formation du baccalauréat professionnel, et qu’il n'a jamais fait d'apprentissage auparavant, la rémunération sera celle d'une 2ème et 3ème année d'exécution, soit respectivement 51 et 67 % du Smic.

J'ai du aussi un peu chercher et c'est le code du travail qui m'a donné la réponse.
Vous devez le rémunérer sur la base d’une troisième année d’apprentissage comme s’il avait fait tout son parcours en alternance, soit 67% du Smic, si ce jeune a entre 18 à 20 ans. En effet, cet apprenti prépare un bac professionnel qui se prépare en trois ans, et son contrat d’apprentissage est inférieur à celle de son cycle de formation (1 an pour préparer cette dernière année). L’article D.6222-28-1 du code du travail précise dans ce cas, que l’apprenti est considéré comme ayant accompli une durée d’apprentissage égale à ce cycle de formation.
L’article D. 6222-28-1 du code du travail prévoit : « Lorsque la durée du contrat ou de la période d'apprentissage est inférieure à celle du cycle de formation préparant à la qualification qui fait l'objet du contrat en application du troisième alinéa des articles L. 6222-7-1 ou L. 6222-12-1, ou en application de l'article R. 6222-23-1, l'apprenti est considéré, en ce qui concerne sa rémunération, comme ayant accompli une durée d'apprentissage égale à ce cycle de formation. »
Ce principe est expliqué dans les questions-réponses relatives à la rémunération de l’apprenti publié par le ministère du travail en 2019.
Si un contrat d’apprentissage est conclu par un jeune de 19 ans pour les deux dernières années de formation du baccalauréat professionnel, et qu’il n'a jamais fait d'apprentissage auparavant, la rémunération sera celle d'une 2ème et 3ème année d'exécution, soit respectivement 51 et 67 % du Smic.