C'est une question assez complexe à examiner au cas par cas. Voici l'analyse d'une réecnte décision de justice proposée par la Revue fiduciaire :
"En principe, le droit d’entrée versé par le preneur constitue soit un supplément de loyer déductible, soit un élément d’actif pouvant être immobilisé s’il représente la contrepartie de l’acquisition du droit au bail.
Si le droit d’entrée est activé, il peut faire l’objet d’un amortissement s’il est prévisible, lors de sa création ou de son acquisition par l'entreprise, que ses effets bénéfiques sur l’exploitation prendront fin nécessairement à une date déterminée. A défaut, l’entreprise peut seulement passer une provision pour dépréciation en fin d’exercice.
Dans l'affaire, une société avait pris à bail des bureaux et des entrepôts pour une durée de 12 ans. Outre le loyer annuel, elle avait acquitté un droit d'entrée, qu'elle avait immobilisé et amorti. L'administration avait contesté l'amortissement.
Le Conseil d'État annule la décision des juges d'appel, qui auraient du rechercher si les conditions d'amortissement étaient réunies. En l'espèce, il a été relevé que le droit au bail avait été versé en contrepartie non seulement de la durée exceptionnelle de 12 ans du bail, mais aussi de la renonciation du bailleur à sa faculté de résiliation pendant 6 ans, avantage indépendant du caractère renouvelable du contrat et dont les effets bénéfiques sur l'exploitation cesseraient à une date prévisible."
CE 15 avril 2016, n°375796