Les 39 heures sont du travail effectif
les pauses repas se rajoutent et ne sont pas comptées.

Le temps de repas n'est pas du travail effectif
Le temps consacré au repas n’est pas considéré comme du temps de travail et doit par conséquent être décompté de votre temps de présence dans l’entreprise.
En effet, l’article L.3121-1du code du travail rappelle que la durée du travail effectif est le temps pendant lequel le salarié est à la disposition de son employeur et doit se conformer à ses directives sans pouvoir vaquer librement à ses occupations.
Quant à l’article L.3121-2 du même code, il vient préciser que le temps consacré aux repas et aux pauses n’est pas considéré comme du travail effectif, à la condition que le salarié ne soit pas obligé de rester à la disposition de l’employeur sans pouvoir vaquer librement à ses occupations.
Donc le temps consacré au repas n’est pas considéré comme du temps de travail effectif à la condition que le personnel puisse pleinement profiter de sa pause repas, et que l’employeur ne demande pas à ses salariés de travailler, ne serait-ce que quelques minutes. En conséquence, cette pause déjeuner n’est pas prise en compte dans vos 39 heures de travail.