Non vous pouvez continuer la procédure
Et heureusement, car sinon cela voudrait dire que chaque fois que le salarié suppute un problème, il se mettrait en arrêt maladie pour tout bloquer. Mais faite attention à le convoquer pendant les heures de sortie autorisée.
Donc vous pouvez très bien commencé cette procédure de licenciement en lui notifiant sa mise à pied conservatoire et sa convention à l'entretien préalable.
Seule petit bémol, vous parlez d'une situation confictuelle qui a conduit la salariée a abandonné son poste. Cela pourrait lui donné une excuse si on peut mettre une partie des faits sur une autre personne.